佛教虽然不是本土宗教，但是在其漫长的历史发展之中，佛教实质上本土化，佛教对于中国历史进程、文化发展产生了深远的影响，影响到社会生活的每一个角落，藏石亦未能例外，佛教对菊花石雕刻文化影响也较大。
佛教传入中国大致是西汉时期，而后经过数百年的发展，逐渐与中华文化整合，形成具有中国特色的宗教文化。信仰佛教的信众固然是少数，但许多佛教的说法、理念已经深入到普通老百姓的生活之中，这就为菊花石雕中使用佛教题材提供良好的基础。
佛教对菊花石等玉石文化最显著的影响是雕刻中的各种关于佛的题材，比如说观音、弥勒佛、释加牟尼、童子等等人物，以及莲、法轮等等佛教圣物，这些佛题材表达着各式不同的寓意，比如说观音寓意有求必应、救苦救难，弥勒佛寓意乐观宽容，释加牟尼吉祥平安，童子招财，莲象征着高洁等等。佛题材的菊花石雕还有一个共同的寓意是辟邪挡煞，招财纳吉，一方方的菊花石刻上佛之后，便具备了佛的庇护一般。
佛教对石刻文化影响还体现许多方面，比如说很多人在请来收藏的菊花石之后，多会去庙里请大师开光，很多人根深蒂固的认为，不经开光的菊花石是没有灵性的，还有就是民间常常说的“男戴观音女戴佛”，都是佛文化与菊花石文化交融的表现。