菊花石的配座艺术，凝聚匠心，承担了装饰美化、平衡重心、协调色彩、相互衬托的作用。通常来说，菊花石的品味越高，要搭配与之合适的座子就越难，因为底座的搭配需根据菊花石的造型而顺应其天然富有变化，使富有灵性的座子与富有自然精气的菊花石融为一体。
座子的材质多采用自然根艺，它具有“奇”“巧”的特色，可以说这门艺术是“三分人工，七分天成”。因此，只要选配得当，石与木的艺术结合就会产生更佳的艺术效果，大自然赐给我们变化万千的菊花石，也同样赐给我们变化万千的根艺。
给菊花石进行配座，首先一定要清醒认识到什么是主体，什么是陪衬？孰重孰轻，切忌主次颠倒，喧宾夺主。菊花石的配座艺术，菊花石永远是红花，底座则永远是陪衬红花的绿叶。有些菊花石本来体件就很小巧，若是搭配一件比石头本身还大、雕饰又很华美的根艺，那就会直接扭曲菊花石要呈现的主题，破坏了菊花石雕的整体气韵和天然属性。
座子和菊花石的比例是座子制作中很难掌握的问题。即便有完美的“黄金分割法”，但是每件菊花石的造型、结构、意境不同，自然就需要搭配与之相匹配的座子，因此不可太过于教条主义。有的还需要考虑艺术夸张，有的要考虑重心平衡，立得起，站得稳，在安全的基础上，通过不同造型、线面来表现对称，呼应，对比，协调等，显示出座子烘托菊花石的重要作用。
座子与菊花石的结合一定要结构严谨，座子的形象刻划要求结构明确，肯定、具体，来龙去脉要交待清楚。
好的菊花石底座要求保持材质艺术美、自然美、色彩美的天然属性，这是座子艺术极力追求的。通常来说，菊花石的配座以根座居多，菊花石雕的价值越高，搭配的根座也要越好越精，因此座子提升的不止是菊花石雕的艺术审美，还能增加菊花石雕艺术作品的身价，使其成为一件极具增值潜力的艺术收藏品。