菊花石原料的分类，遵循业界习惯，结合自身特点，在分类命名上一般分为山料、水料和彩石料三类，山料即采自于山上的原生矿石；水料和彩石料则是菊花石原矿经风化崩落，再被雨水、河流冲刷、搬运至河中，经由河水长年滚磨、风化、磨蚀而形成的水生矿石，通常采自于河流或干涸的河床中。
菊花石山料属原生矿部分裸于地表或向地下延伸，这样就形成了菊花石山料产出主要为地表原生矿。菊花石山料的特点是块度大小不一，呈棱角状，表面粗糙，断口参差不齐，花纹质量难以把握。山料是产量最大的菊花石原料。
水料，也称水石，地质学为原生——次生矿床成矿，指的是原生矿石经风化崩落，并被流水冲刷搬运至河流中上游的原料。菊花石水料根据出产的地势条件或堆积状态而出现了一些比较形象的命名，如水草石、河床石、河岸石等等，这对普通的消费者理解菊花石的产出状态是有一定意义的，也因此这些说法在民间得以广泛流传。
菊花石水石特点是距原生矿较近，石料的棱角稍有磨圆，表面较光滑、色泽光亮、结晶度高，质地较好，是观赏石和砚石的重要来源。
彩色菊花石，也称彩色菊花玉，原是水料菊花石的一种，因其花形硕大，结晶度高，玉化效果好，特别是花纹带有天然的红、黄色泽，故称彩色菊花石，其原石品质要好过其他原料，是菊花石中质地最上乘的原料，又因产量稀少，所以自成一类。
彩色菊花石料的特点是形态为卵石形，一般块度较大、表面光滑，由于河水长距离和长期的搬运、冲刷、磨蚀，结晶花纹保存良好，多是原生矿料中最为致密坚硬的部分，所以可塑性较好，内部质量容易把握，材料出成率高。据开采资料显示彩色菊花石料的产量占菊花石的总产量不足1%，但其产值在各种菊花石料中最高。